2006年，浙江工贸职业技术学院台湾研究所在市委领导、省市台办支持下成立，并得到厦门大学台湾研究所学术支持，厦大李非教授受邀担任名誉所长。2014年4月，温州市人民政府与两岸关系和平发展协调创新中心签署合作协议，协定支持指导浙江工贸职业技术学院台湾研究所开展研究工作。同年，研究所获批为温州市哲学社会科学重点研究基地（温州市两岸社会经济发展协同创新研究中心）。2022年，在浙江台湾周温州分会场，温州市委统战部部长授予“温州市台湾研究中心”牌子。

多年来，研究所（中心）承担省部级课题3项、市厅级研究课题73项，在《台湾研究》《台湾研究集刊》《现代台湾研究》等各类刊物上发表学术论文48篇。中心的研究成果不仅获得国台办领导批示一项，还得到国台办的口头感谢；另外有一项获得省委领导批示肯定，一项获得省台办领导批示；同时有14项研究成果被省及市相关部门采纳。

自温州市台湾研究中心成立，中心力量进一步壮大，专门聘请了厦门大学教授学者作为中心首席专家和方向带头人，同时凝聚校内外力量组建了专兼职研究团队。中心现有专职研究员3人，外聘专家3人，校内兼职研究员8人，台籍特邀研究员5人。中心致力于发挥智库专家优势，汇聚两岸智力资源，形成与政府、企业、高校、社会组织良性互动的开放合作关系，为浙江在对台工作、促进两岸融合发展上提供更多智力支持。